1 自动化研究所
2 沈阳自动化研究所
3 长春光学精密机械与物理研究所
4 上海生命科学研究院
5 金属研究所
6 长春应用化学研究所
7 生态环境研究中心
8 南海海洋研究所
9 沈阳应用生态研究所
10 理化技术研究所
11 力学研究所
12 大连化学物理研究所
13 过程工程研究所
14 福建物质结构研究所
15 地质与地球物理研究所
16 上海硅酸盐研究所
17 化学研究所
18 新疆生态与地理研究所
19 近代物理研究所
20 软件研究所
21 上海光学精密机械研究所
22 广州能源研究所
23 计算技术研究所
24 地理科学与资源研究所
25 半导体研究所
26 山西煤炭化学研究所
27 水生生物研究所
28 上海有机化学研究所
29 东北地理与农业生态研究所
30 海洋研究所
31 南京地理与湖泊研究所
32 电工研究所
33 兰州化学物理研究所
34 工程热物理研究所
35 上海微系统与信息技术研究所
36 苏州纳米技术与纳米仿生研究所
37 微生物研究所
38 南京土壤研究所
39 光电技术研究所
40 武汉岩土力学研究所
41 寒区旱区环境与工程研究所
42 微电子研究所
43 上海技术物理研究所
44 西安光学精密机械研究所
45 研究生院
46 物理研究所
47 计算机网络信息中心
48 深圳先进技术研究院
49 宁波材料技术与工程研究所
50 遗传与发育生物学研究所
51 青海盐湖研究所
52 武汉物理与数学研究所
53 遥感应用研究所
54 高能物理研究所
55 生物物理研究所
56 广州地球化学研究所
57 昆明植物研究所
58 上海药物研究所
59 植物研究所
60 对地观测与数字地球科学中心
61 西双版纳热带植物园
62 西北高原生物研究所
63 数学与系统科学研究院
64 上海应用物理研究所
65 声学研究所
66 科技政策与管理科学研究所
67 兰州资源环境科学信息中心
68 心理研究所
69 成都文献情报中心
70 成都山地灾害与环境研究所
71 测量与地球物理研究所
72 上海天文台
73 新疆理化技术研究所
74 北京基因组研究所
75 南京地质古生物研究所
76 亚热带农业生态研究所
77 成都生物研究所
78 国家天文台
79 动物研究所
80 武汉病毒研究所
81 昆明动物研究所
82 广州生物医药与健康研究院
83 电子学研究所
84 水土保持与生态环境研究中心
85 大气物理研究所
86 武汉文献情报中心
87 地球化学研究所（贵阳）
88 城市环境研究所
89 国家授时中心
90 华南植物园
91 武汉植物园
92 国家纳米科学中心
93 古脊椎动物与古人类研究所
94 自然科学史研究所
95 兰州地质研究所
96 光电研究院
97 空间科学与应用研究中心
98 地球环境研究所
99 地球环境研究所黄土与第四纪地质国家重点实验室
100 青岛生物能源所
101 文献情报中心
102 烟台海岸带研究所
103 中国科学技术大学
104 遥感卫星地面站
105 紫金山天文台
106 理论物理所
107 青藏高原所

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